آتنا دارای سه واحد اصلی آموزش، پژوهش و حمایت و توانمندسازی است.
و همچنین دارای پنج واحد اجرایی:امور حقوقی، امور مالی، روابط عمومی و تبلیغات، داوطلبان و جذب منابع است.

• آموزش

 در بخش آموزش فعالیت‌های ترویجی با هدف آموزش عموم افراد، دانشجویان رشته‌های مرتبط و فعالین حوزه های اجتماعی در جهت اهداف موسسه انجام می شود تا خود اعضای موسسه و سایر افرادی که به نحوی با گروه هدف موسسه آتنا در ارتباط خواهند بود، جهت ارتباط موثر، علمی و تخصصی آموزش ببینند. 

• پژوهش

در واحد پژوهش، پروژه‌های موسسه از ابتدا تا انتها مورد بررسی و ارزیابی علمی قرار گرفته و کیفیت و اثربخشی مداخلات مددکاران ارزیابی می‌شود. همچنین با حمایت و پشتیبانی از پایان نامه‌ها و پروژه‌هایی که در جهت اهداف و فعالیت های موسسه است، حلقه ارتباط موسسه با دانشگاه ها و موسسات علمی، تحقیقاتی و آموزشی شکل می گیرد. در عین حال بررسی ریشه های معضلات و ارائه راهکارها و طرح های اثربخش جهت حل ریشه ای معضلات به عهده این واحد است.

• حمایت و توانمندسازی

واحد اصلی موسسه بخش حمایت و توانمندسازی است که تمام خدمات و حمایت های موسسه از خانواده های تحت پوشش در این واحد، توسط کمیته های متعدد انجام شده و واحد آموزش و پژوهش بازوهای کمکی این واحد محسوب می شوند؛ تا مداخلات انجام گرفته در این واحد از کیفیت و اثربخشی مناسبی برخوردار بوده و منجر به توانمندسازی افراد و خانواده ها گردد. کمک های مردمی به موسسه صرفاً در واحد حمایت و توانمندسازی جهت پشتیبانی خدمات کمیته های مختلف به مصرف می رسد. این واحد شامل 7 کمیته زیر است:

1. کمیته مددکاری اجتماعی و سلامت روان
2. کمیته پزشکی
3. کمیته امدادرسانی
4. کمیته حقوقی 
5. کمیته آموزش 
6. کمیته اشتغالزایی و مهارت آموزی
7. کمیته اوقات فراغت

• امور حقوقی 
• امور مالی
• داوطلبان

           «میخواهم داوطلب شوم»

• روابط عمومی و تبلیغات

• جذب منابع